La Refinería de A Coruña tiene un sistema de gestión ambiental auditado y certificado por la ISO 14001, que permite identificar los aspectos medioambientales y establecer los procedimientos más adecuados para su seguimiento y control. Además, es la primera refinería de Repsol que obtuvo la Autorización Ambiental Integrada, que establece el marco legal, los valores y requerimientos ambientales de aplicación, de manera que se garantice una operación sostenible.
La gestión de residuos metálicos generados durante las operaciones de mantenimiento de maquinaria, equipos e instalaciones es uno de los aspectos en los que se trabaja a diario. El objetivo es intentar reutilizar al máximo los residuos metálicos generados en estos trabajos. Cada tipo de residuo, se deposita, clasifica y recoge de forma selectiva en el punto limpio del complejo, para su posterior tratamiento en las instalaciones de Desguaces Lema. Toda la gestión de los residuos se tramita telemáticamente a través de la aplicación informática SIRGa de la Xunta de Galicia para su registro, control y seguimiento.